Сучасна історія пейнтболу починається у червні 1981 року, але, незважаючи на це вперше рушниці, що стріляють фарбою, були застосовані у 1878 році у Франції, тобто в 1878 році. понад 120 років тому.
Наприкінці 19 століття Франція зробила низку колоніальних експедицій у Північній Африці. Армія зазнала тяжких втрат у результаті партизанської війни, що розгорнулася. Перед військами постала проблема "зачистки" населених пунктів. І тоді лейтенантом французької армії Дюруа було розроблено програму ближнього бою. Для імітації стрілянини інженер Гюстав Реклю запропонував використати спеціальні фарбомети. Перша модель являла собою дещо модернізований пневматичний мастильний шприц. Однак друга була вже власне маркером та стріляла латексними кульками з фарбою. Звідси (щоправда, значно пізніше) і пішла назва "пейнтбол" - "кулька з фарбою". Оскільки маркер був створений на основі мисливської рушниці, зарядка проводилася із казенної частини. Перед кожним пострілом зводився важіль газового механізму (приблизно такий, як і на сучасних пневматичних гвинтівках). Але проіснував тодішній пейнтбол недовго. Незабаром після краху Панамської авантюри у 1888 році було припинено фінансування програм ближнього бою у Франції.
Про пейнтбол згадали напередодні ІІ Світової Війни у фашистській Німеччині. У 1939 році для імітації автоматичної зброї група інженера Циммермана розробила модель SPHW з подачею куль із вертикального пружного магазину. Джерелом газу був серійний одноразовий балон, якого вистачало на 200-250 пострілів. Кулі спочатку випускали за французьким "рецептом", а потім їх стали виробляти на підприємстві "Bauer" з желатину, наповнюючи гуашшю. Іншими словами, виріб SPHW за всіма основними параметрами був сучасним маркером. Єдиним недоліком було лише перевищення швидкості вильоту кульки понад 100 м/с, що призводило до значних травм під час навчань. Однак новинка була сприйнята прохолодно. Ідея була б похована, якби особисто Гітлеру не спало на думку захопити з повітря форт Ебен-Емаель, розташований між бельгійським Льєжем і голландським Маастріхтом і займав стратегічне становище в оборонній лінії "Мажино". Десантно-штурмова група "Граніт" у листопаді 1939 року розпочала тренування на повномасштабних макетах форту. У ході навчань використовувалося понад 200 маркерів SPHW. А вже 10 травня 1940 року 85 десантників у ході 30-годинного бою змусили до здавання гарнізон форту чисельністю 1200 осіб. Ця операція і досі входить до всіх підручників повітряно-десантних військ. Після війни один із інженерів групи Циммермана емігрував до США, де й пристосував свою розробку для маркування дерев (або, за деякими даними, худоби).
У 1981 році троє товаришів - біржові брокери з Нью-Йорка Чарльз Генс і Хейс Ноель та власник лижного магазину Роберт Гарнсі - прикупили з нагоди пістолети, якими лісоруби мітили дерева. Легкі на підйом американці вирішили, що маркери використовуються не зовсім за призначенням. Друзі любили фільми про війну, тому бій відбувся негайно – 27 червня у штаті Нью-Хемпшир. Окрім ініціаторів у ньому взяли участь ще дев'ятеро людей. А вже 1998 року, менш ніж через 20 років, у США шість мільйонів людей хоча б одного разу зіграли у пейнтбол (журнал "American Sports Data").
З 1991 р. пейнтбол розвивається в Європі. В Україні пейнтбольні клуби почали з'являтися у 1994 році і нині налічується кілька десятків клубів.
Сучасний пейнтбол представлений трьома напрямками: - Тренування спецслужб; спортивні турніри; Розважальний пейнтбол;
Про "ігри" спецслужб, зі зрозумілих причин, широко не повідомляється. Спортивний пейнтбол – заняття дуже специфічне, та й видовищність, що називається "на любителя". Основна привабливість пейнтболу якраз і полягає у його доступності. Абсолютна більшість пейнтбольних ігор - це ігри звичайних людей, які бажають розважитися та отримати задоволення. Спеціальної підготовки для гри не потрібно. На перемогу ніяк не впливають вікові та посадові переваги. Хоча перевірено: щоб надати грі гостроти, варто в різні команди розвести секретаря та її боса, чоловіка та дружину... Люди, як то кажуть, "випускають пару".
Подальшим розвитком пейнтболу стали великі сценарні ігри. Це найвеселіший захід у пейнтболі, коли воюють одночасно кількасот гравців на великому просторі протягом кількох годин. На відміну від звичайних ігор метою учасників БСІ є не поразка всіх суперників, а виконання заздалегідь обумовлених "місій". Наприклад, "звільнення заручників", "захоплення плацдарму" тощо. При цьому вражені гравці повертаються в гру після відбуття 10-20 хвилин у спеціальних штрафних зонах.